לא, בדיקת דרכי מרה ולבלב באמצעות מכשיר ה- MRI אינה מסוכנת. ההפך הוא הנכון – בהיותה בדיקה לא פולשנית בעלת רמת מהימנות גבוהה, היא מפחיתה את הצורך בניתוחים ואת השימוש בצנתרים. כמו כן, הבדיקה אינה חושפת את הנבדקים לקרינה מייננת ולכן הינה בטוחה יותר מבדיקות דימות אחרות. זו הסיבה שהבדיקה בטוחה גם לצורך ביצוע מעקב על ידי בדיקות חוזרות. בנוסף, בבדיקה ספציפית זו לא נעשה שימוש בחומר ניגוד, כפי שקורה בחלק מבדיקות ה- MRI ולכן אין כל סכנה להתפתחותה של תגובה אלרגית או תופעות לוואי אחרות.
עם זאת, לעיתים נבדקים מדווחים על תחושת לחץ ואי נעימות כתוצאה מאופי הבדיקה, המצריך שכיבה ללא תזוזה בתוך המכשיר הסגור. נבדקים אשר סובלים מקלאוסטרופוביה או חווים לחץ מוגבר לקראת הבדיקה לעיתים מונחים על ידי הרופא ליטול תרופת הרגעה זמן קצר לפני ביצוע הסריקה. לכן, חשוב לשתף את הרופא על כל תחושה חריגה ובשום אופן לא ליטול כל תרופת הרגעה ללא הנחיות מדויקות מן הרופא.
כמו כן, חשוב ליידע את הרופא לגבי הימצאות של מתכות בגוף. משום שהבדיקה מבוססת על שימוש בתהודה מגנטית, הימצאותם של מתכות בגוף עלולה לשבש את התוצאות. לכן, במידה וישנם שתל, סטנט, קוצב לב, משאבת אינסולין, רסיסים מתכת וכו' – יש ליידע את הרופא, אשר יחליט האם ניתן במצב זה לקיים את הבדיקה או לא.