בדיקת CT בטן ומערכת העיכול, הכוללת את כל אזור האגן, מתבצעת באמצעות סורק ה-CT במקרים של כאבים באזור הבטן והאגן או כאשר יש חשד לגידולים, זיהומים ומחלות נוספות באזור זה. הסריקה נמשכת מספר דקות בלבד, מבלי שהנבדק או הנבדקת חשים כל כאב או השפעה על התפקוד.
בדיקת ה-CT מספקת הדמיה בתלת ממד של האיברים והרקמות באזור הנבדק. הבדיקה בטוחה, נפוצה ואינה פולשנית, אם כי היא כוללת שימוש ביוד ולכן חשוב ליידע את הרופא המפנה לגבי רגישות ליוד ככל שהינה ידועה. כמו כן, היא כוללת שימוש בקרינה מייננת, אשר אינה מסוכנת בבדיקה הנקודתית, אך בכל זאת אינה מתאימה לנשים בהריון בשל ההשפעה של השימוש בקרינה על התפתחותו של העובר.