בבדיקת CT עמוד שדרה מתבקשים הנבדקים לשכב על מיטה ניידת המתגלגלת אל תעלת המכשיר. בשל הקרינה הכרוכה בביצוע הבדיקה, לפני התחלת הסריקה הטכנאים עוזבים את החדר. חשוב לציין כי הם ממשיכים לתקשר עם הנבדקים דרך האינטרקום במשך הבדיקה. הבדיקה עצמה נמשכת מספר דקות, בהן הסורק מסתובב סביב האזור הנבדק ומבצע בקצב מהיר צילומי רנטגן בזוויות שונות. בזמן קצר זה חשוב להישאר ללא תזוזה, שלא תיפגע איכות הצילומים, ולפעמים גם יש צורך בעצירת הנשימה. לאחר סיום הסריקה, המחשב מעבד את הצילומים והתוצאות מועברות לפענוח על ידי רדיולוג או רדיולוגית. האזור המדויק בו מתבצעת הסריקה תלוי בסיבת ההפניה לבדיקה. בהתאם לזאת יוחלט האם לבצע צילום עמוד שדרה לכל אורכו, צילום עמוד שדרה צווארי, CT סקראלי מותני או מיקוד אחר כפי שינחה הרופא המנחה.
בבדיקת CT עמוד שדרה לרוב אין צורך בשימוש בחומר ניגוד, כדוגמת יוד, כפי שנעשה בבדיקות CT אחרות. במידה ויוחלט לעשות בו שימוש, יוזרק החומר לנבדק או הנבדקת זמן קצר לפני ביצוע הבדיקה. חשוב לדעת כי חומר הניגוד עלול להביא לתגובה אלרגית ולתופעות לוואי נוספות. לכן, יש ליידע את הרופא המפנה ואת הצוות הרפואי במכון לגבי כל רגישות ידועה וכן לגבי תגובות גופניות לאחר קבלת החומר.